首任廉政署署長周志榮告訴臺(tái)灣媒體，廉政署是以反貪、防貪為主，肅貪為輔。過去，臺(tái)灣政風(fēng)業(yè)務(wù)只負(fù)責(zé)行政查處，檢查官、法官負(fù)責(zé)追訴審判，欠缺將整個(gè)環(huán)節(jié)結(jié)合的一個(gè)平臺(tái)。廉政署成立就是建立這個(gè)平臺(tái)。

　　臺(tái)灣官僚體系貪污“黑數(shù)”（又稱犯罪暗數(shù)、刑事隱案，是指實(shí)際已經(jīng)發(fā)生但由于種種原因尚未納入警方記載的犯罪數(shù)量）存在多年，弊案頻傳，近期暴發(fā)的事件，包括關(guān)稅總局人員涉嫌集體貪污、警方涉入特種行業(yè)，以及前總統(tǒng)李登輝涉嫌貪污受到起訴。雖然臺(tái)灣輿論對(duì)隸屬于法務(wù)部的廉政署整頓公務(wù)員貪腐歪風(fēng)的作用持保留態(tài)度，但臺(tái)灣終于有了與香港和新加坡類似的專責(zé)肅貪機(jī)構(gòu)，新機(jī)構(gòu)的表現(xiàn)深受各方關(guān)注。

　　設(shè)立廉政署是馬英九的競選支票，他強(qiáng)調(diào)臺(tái)灣貪污犯罪“黑數(shù)”很大，重要的是“抓得到，判得下” ，有效地掌握證據(jù)，起訴之后盡量做到百發(fā)百中，而不是拿起肅貪大刀隨意揮舞，但最后無法定罪，既打擊公務(wù)員士氣又無法達(dá)到效果。

　　他表示，萬一真的發(fā)生貪污事件，政府一定要做到主動(dòng)發(fā)掘、明快處置、配合偵辦、對(duì)外說明，要讓外界感覺是一個(gè)不怕家丑外揚(yáng)的政府。這樣的態(tài)度也有助廉政署的未來發(fā)展。

　　他指出，國際透明組織發(fā)布貪腐狀態(tài)的印象指數(shù)，排名前十名的國家，本身就是經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)，競爭力強(qiáng)，因此清廉與國家競爭力有密切關(guān)系。

　　針對(duì)外界質(zhì)疑廉政署組職位階僅三級(jí)機(jī)關(guān)，未能充分發(fā)揮肅貪作用，他認(rèn)為臺(tái)灣廉政署和香港、新加坡直接隸屬于總理或特首的組織不同，但以國際透明組織排名前十名的國家和地區(qū)來看，全世界的實(shí)務(wù)運(yùn)作，主要是由執(zhí)法機(jī)關(guān)查辦貪污事件，新加坡和香港不是通例。

　　據(jù)國際透明組織去年的排名，新加坡居第二位，位于同樣獲得第一名的丹麥和紐西蘭之后，香港和臺(tái)灣則分居第13名和第33名。前十名的國家中，新加坡是唯一亞洲國家，多數(shù)是歐洲國家。

不直接隸屬總統(tǒng)府

　　臺(tái)灣廉政署不直接隸屬于最高領(lǐng)導(dǎo)人還有臺(tái)灣政治現(xiàn)實(shí)的考量。臺(tái)灣政治存在著藍(lán)綠嚴(yán)重對(duì)立情況，若廉政署隸屬總統(tǒng)府，將會(huì)被在野黨說成是執(zhí)政者的“東廠”、“禁衛(wèi)軍”。

　　原來也負(fù)責(zé)貪瀆防制、洗錢防制的調(diào)查局和新成立的廉政屬是否存在著疊床架屋，功能重疊的問題？馬英九和周志榮都作了回應(yīng)，認(rèn)為職權(quán)上或許有重疊，但功能不盡相同，廉政屬主力防貪，彼此可以有良性的競合關(guān)系，達(dá)成分進(jìn)合擊的效果。

　　周志榮指出，目前編制人員不到200人的廉政署是依據(jù)聯(lián)合國反貪腐公約而成立，其功能并不是外界所以為的肅貪為主，恰恰相反，而是以防貪、反貪為主，肅貪為輔。對(duì)于盲從、屈從和誤觸法網(wǎng)者，廉政署將給與自新并減輕刑罰的機(jī)會(huì)，而對(duì)于貪瀆高風(fēng)險(xiǎn)的業(yè)務(wù)，如何防貪，分析并提出具體的改善方案，以達(dá)到預(yù)防貪瀆犯罪發(fā)生的作用。

　　目前臺(tái)灣貪瀆定罪案為55%。國民黨立法院黨團(tuán)首席副書記趙麗云認(rèn)為廉政署首要任務(wù)就是要把貪瀆定罪率提高一成，讓民眾有感。

　　國民黨立法院黨團(tuán)書記長謝國樑則認(rèn)為，廉政署需要拿出政績，才能令民眾信服。他要求一個(gè)月內(nèi)挑“大咔”（高官）辦出成效。

　　民進(jìn)黨立院黨團(tuán)則檢舉10起與總統(tǒng)馬英九、臺(tái)北市長郝龍斌有關(guān)案件，要求廉政署查辦，以檢視廉政署的公正無私。

　　民進(jìn)黨籍立委黃偉哲說，廉政署的主要骨干都是政風(fēng)人員，政風(fēng)人員是否發(fā)揮機(jī)關(guān)防腐劑的功能值得觀察，但過去特偵組或檢調(diào)機(jī)關(guān)常被批辦綠不辦藍(lán)、政治權(quán)斗，廉政署若步上特偵組等機(jī)關(guān)的后塵，讓人對(duì)澄清吏治、建立公正的司法形象打問號(hào)。